合成藥物工程技術研究中心各部門職責：
一、“工程中心”董事會
　　是“工程中心”的決策機構，負責制訂運行機制、市場目標、建設發展戰略、研發方向、重大成果轉化、年度計劃審批、經營執行情況報告。定期聽取“工程中心”主任工作報告，進行工作建議。
二、“工程中心”技術委員會
　　是“工程中心”的技術咨詢機構，由國內外專家、學者組成，向“工程中心”提供技術咨詢，介紹國內外重大科技成果和人才信息，推薦前沿新藥和先導化合物發展方向及開發思路，并對“工程中心”主要研究方向、技術方案、工藝路線進行技術咨詢和指導。
三、“工程中心”主任
　　負責“工程中心”的日常業務管理，監督管理各設計開發及相關部門工作執行進行和開發情況，并進行具體協調。
四、“工程中心”辦公室
　　由“工程中心”主任直接領導，負責“工程中心”的日常管理，組織制訂科技開發計劃，協助主任搞好下屬部門工作協調，并負責“工程中心”建設期的各項財務資金管理。
五、“工程中心”合成實驗室
　　負責創新藥物及相關應用項目的研究開發，開發具有自主知識產權和專利技術的創新藥物，對具有市場前景好的產品進行重點工業化研究，并進行工業化放大試驗。
六、“工程中心”藥品注冊部
　　負責新藥的申報注冊和報批資料的編制工作。
七、“工程中心”臨床醫學部 
　　負責新藥的活性試驗和臨床試驗工作。
八、“工程中心”新藥推廣和市場開發部
　　負責新藥的推廣和市場開發及相關中試產品的推廣應用、市場開發與用戶服務，還負責新藥及其應用產品的市場信息的收集、匯總，并反饋給“工程中心”相關部門，同時開發“工程中心”產品、技術成果向相關企業輻射的聯系接待工作。
九、“工程中心”培訓中心
　　負責“工程中心”人才培養，對外技術交流、講座工作。搞好學術研討，收集醫藥領域的科技信息，以利于創新藥物在國內的技術推廣應用。